Khiếu nại của các Tổ chức, Hộ gia đình liên quan đến việc thực hiện Hệ thống VNTLAS và cấp phép FLEGT tuân theo quy định của Luật Khiếu nại. Luật này quy định trình tự, thủ tục khiếu nại của tổ chức, cá nhân trong nước hoặc nước ngoài và giải quyết khiếu nại đối với quyết định hành chính hoặc hành vi hành chính của cơ quan nhà nước hoặc người trong các cơ quan này. Việc tiếp nhận, phản hồi và giải quyết khiếu nại phải theo quy trình Thanh tra, kiểm tra nội bộ.
Cơ quan xác minh, Cơ quan cấp phép FLEGT và Tổng cục Lâm nghiệp sẽ tiếp nhận câu hỏi, khiếu nại và tố cáo trực tiếp từ tổ chức, cá nhân hoặc thông qua đại diện các hiệp hội gỗ và tổ chức chính trị-xã hội. Việc này cũng bao gồm các trường hợp tố cáo nặc danh (không có họ tên, địa chỉ của người tố cáo) nhưng nội dung tố cáo rõ ràng và cung cấp bằng chứng cụ thể liên quan đến hành vi tham nhũng, hành vi vi phạm. Tất cả những người tố cáo có danh tính sẽ được bảo vệ.
Phản hồi về việc thực hiện Hệ thống VNTLAS có thể thông qua đối thoại chính sách và các diễn đàn của Chính phủ, của hiệp hội, của các tổ chức chính trị-xã hội và tổ chức xã hội dân sự theo quy định của pháp luật Việt Nam. Kết quả của các diễn đàn, đối thoại chính sách liên quan đến việc thực hiện Hệ thống VNTLAS sẽ thường xuyên được thông báo cho Ủy ban thực thi chung (JIC).