Đánh giá độc lập là việc đánh giá định kỳ việc thực hiện, hiệu lực, và tín nhiệm của hệ thống VNTLAS để xác định, tài liệu hóa, và báo cáo bất cứ một hành động không tuân thủ hay điểm yếu nào trong hệ thống. Đơn vị đánh giá độc lập sẽ do Việt Nam và EU lựa chọn.